O BrBio desenvolve atividades de monitoramento ambiental com o objetivo de diagnosticar e acompanhar a presença de espécies bioindicadoras de qualidade ambiental.

Programas de monitoramento coletam dados repetidos de organismos e/ou de parâmetros ambientais num determinado local ao longo de uma escala temporal, ajudando na compreensão de uma variedade de processos naturais, podendo fornecer informações sobre a biota, a diversidade, a condição do habitat e de mudanças no ambiente, subsidiando ações de manejo e conservação.

O BrBio vem desenvolvendo ações de monitoramento do coral-sol, uma espécie bioinvasora na costa brasileira.